დეპარტამენტის მთავარი მიზნებია:

• ჰიდრომეტეოროლოგიური დაკვირვებების და გარემოს ფონური დაბინძურების მონაცემების მოპოვება, დამუშავება, ანალიზი, შენახვა და გავრცელება;
  
  
• ტრანსპორტის ჰიდრომეტეოროლოგიური უსაპრთხოება;
  
  
• ჰიდრომეტეოროლოგიური და სხვა გეოფიზიკურ პროცესების (მიწისძვრების გარდა) აქტიურ ზეგავლენაზე დაკვირვება;
  
  
• ჰიდრომეტეოროლოგიური დაკვირვებების და გარემოს ფონური დაბინძურების კვლევის პრიორეტიტული მიმართულებების გამოვლენა; სახელმწიფო პროგრამების შემუშავება და მათი შესრულების უზრუნველყოფა;
  
  
• ჰიდრომეტეოროლოგიის და გარემოს ფონური მონიტორინგის სფეროში საქართველოს მიერ საერთაშორისო კონვენციებით გათვალისწინებული და მსოფლიოს ჰიდრომეტეოროლოგიური ორგანიზაციის მიერ დასახული ვალდებულებების შესრულების უზრუნველსაყოფად შესაბამისი სამინისტროების, დეპარტამენტების, კვლევითი და სხვა ორგანიზაციების საქმიანობის კოორდინირება;
  
  
• საკუთარი კომპენტენციისა და საერთაშორისო თანამშრომლობის ფარგლებში ჰიდრომეტეოროლოგიური, გარემოს ფონური დაბინძურების და სხვა ამგვარი საქმიანობების განხორციელება.